就在航向外宇宙前,四季等人造訪行星格蘭貝爾,出現在他們面前的卻是復活的魔王基極!然而基極卻彷彿變了個人,宣告「要支配權人類」,並發動攻擊企圖擊沉EDENS ZERO。在艾爾熙的搭救下,四季等人脫離這次危機,然後追著出發去尋找MOTHER的基極之船‧EDENS ONE的腳步,來到了櫻宇宙與外宇宙的界線‧DRAGONFALL……